通常染色体异常，占到40%—50%。每个人、每个月排的卵，都不一样，也未必都正常。卵母细胞在前期分裂中，可能发生异变，无法受精。有时，轻度异常的细胞还能受精，但在之后成长过程中会出问题，发生流产。这是大自然的淘汰过程。

还有一些相对复杂的因素，如母亲自身因素等。精子是“外来物”，正常情况下，女性身体有一种免疫耐受，只有屏蔽了对外来物体的抵抗，才能接受受精卵。但有些女性的身体缺少这种屏蔽作用，会把精子当成坏东西，从而可能导致胚胎停育或流产。

此外，一些全身性疾患，以及很多目前人类无法治疗或未知的疾病，都可能造成胚胎停育和流产。